В 90-е годы произошли серьезные изменения в системе образования в России. С одной стороны, ушли в прошлое идеологизация духовной жизни, государственная регламентация всех сфер культуры. Были провозглашены принципы ликвидации монополии государства на образование; большего участия местных властей в управлении образованием; самостоятельности учебных заведений при определении направлений учебной деятельности, перехода в педагогических отношениях к системе сотрудничества учителей, учащихся и родителей. С другой стороны, недостаточное финансирование государственных образовательных учреждений привело к оттоку из средней и высшей школы квалифицированных преподавательских кадров, к кризису вузовской науки и падению уровня и качества образования.
К концу 80-х годов полное среднее образование перестало быть всеобщим, то есть обязательным, но оставалось бесплатным и общедоступным. Школа получила возможность отказаться от обязательного госминимума предметов; появилось множество скороспелых альтернативных программ и учебников, что нарушило преемственность средней и высшей школы, снизило общий уровень подготовки школьников.
В начале 90-х годов был сделан следующий шаг: согласно Конституции всем гражданам обеспечивалось получение обязательного и бесплатного основного девятилетнего образования, но бесплатного полного среднего образования не гарантировалось. Это автоматически превращало среднюю школу в двухуровневую, оставляло без социальной защиты категорию подростков 15-16 лет. Для сохранения системы образования потребовалось введение образовательных государственных стандартов, включающих в себя обязательный федеральный и региональный минимумы учебных предметов в школьных программах. В новой редакции закона «Об образовании» было записано, что полное среднее образование остается общедоступным и бесплатным.
Потребность общества в повышенном уровне образования растет, и на этой волне общественного интереса система образования имеет все возможности не только выжить, но и стать более совершенной. Так, еще с конца 80-х годов началась дифференциация образования по склонностям и способностям детей. Творчески сильные школы преобразовались в гимназии, лицеи со специализацией по целому циклу предметов или углубленному изучению отдельных дисциплин; во многих школах появились профильные классы: математические, гуманитарные, естественные. В средней школе существуют бесплатные (обязательные) и платные (дополнительные) предметы, все чаще в школу приглашают вузовских преподавателей, чтобы ликвидировать разрыв между уровнем подготовки выпускников школы и требованиями высшей школы. В средней школе допускаются различные формы самоуправления: совет школы, попечительский совет, общее собрание и др.
Ушли в прошлое и выпускные экзамены советского образца.
В 2004 году в России опробовали новую форму аттестации. В 2009 году форма аттестации выпускников стала обязательной по всей стране под названием ЕГЭ – единый государственный экзамен, а в 2014 году ввели обязательную аттестацию и для обучающихся 9 классов, переименовав ее в ОГЭ – основной государственный экзамен.